187 taxon bậc loài và dưới loài tảo silic phù du thuộc 53 chi, 36 họ, 24 bộ ở vùng hạ lưu sông Gianh được xác định. Trong đó, nhóm tảo silic lông chim chiếm ưu thế về số loài so với tảo silic trung tâm. Số lượng loài có xu hướng giảm dần ở các điểm khảo sát theo hướng xa biển.

Mật độ tế bào tảo silic phù du ở hạ lưu sông Gianh được quyết định bởi các loài tảo ưu thế Bacillaria paxillifera, Diploneis smithii, Cyclotella striata và một số loài thuộc chi Melosira quyết định. Mật độ tảo thường cao ở các điểm khảo sát về phía xa biển, từ SG6 – SG10 và thấp ở vùng cửa giáp biển (điểm SG2) có mật độ tế bào trung bình thấp nhất. Mật độ tảo cao vào các tháng I, II, III, VI và tháng IX.