Chất lượng nước (CLN) nguồn nước ngầm phun lộ thiên và nguồn nước mặt Bàu Thủy Ứ được phân tích và đánh giá. Đối với nguồn nước ngầm khảo sát trên 9 thông số gồm: pH, COD, TSS, NO₃^--N, NH₄⁺-N, độ cứng, tổng sắt tan (Fe), Coliform, E.coli. Đối với nguồn nước mặt khảo sát trên 14 thông số gồm: nhiệt độ, pH, DO, COD, BOD₅, TSS, độ đục (TUR), độ dẫn điện (EC), NO₃^--N, NH₄⁺-N, PO₄^3--P, Tổng N, Tổng P, Coliform, E.coli. Kết quả khảo sát cho thấy:

Các thông số CLN ngầm đều thỏa mãn QCVN 09:2008/BTNMT và QCVN 02:2009/BYT ngoại trừ chỉ tiêu pH thấp hơn giới hạn quy định ở các Quy chuẩn. Hầu hết các thông số CLN mặt đều đạt loại A1 của QCVN 08:2008/BTNMT ngoại trừ thông số E.coli, TSS và một số chỉ tiêu dinh dưỡng như NH₄⁺-N và PO₄^3--P. Bàu Thủy Ứ đang có dấu hiệu bị phú dưỡng và yếu tố giới hạn đối với phú dưỡng Bàu Thủy Ứ chủ yếu là do P.

Dựa vào kết quả thí nghiệm và tính toán tải lượng các nguồn gây ảnh hưởng đến CLN Bàu Thủy Ứ đã xác định được các nguồn thải gây ảnh hưởng trực tiếp chủ yếu từ các trang trại, hoạt động canh tác lúa nước và từ sự phân hủy do thực vật thủy sinh chết. Các nguồn gây tác động gián tiếp là do nước mưa chảy tràn qua khu vực sinh hoạt của dân cư, hoạt động chăn nuôi quy mô hộ gia đình, từ canh tác trên diện tích hoa màu và cao su.