Tối ưu gen để biểu hiện khác loài là một bước quan trọng trong công nghệ DNA tái tổ. Đã có nhiều công trình nghiên cứu về các tiêu chí cần đạt được trong quá trình tối ưu gen. Một số tiêu chí phổ quát gồm thiên vị mã bộ ba, thiên vị cặp mã bộ ba và tối ưu cấu trúc thứ cấp của mRNA. Để có thể đồng thời đáp ứng nhiều tiêu chí tối ưu, các nhà Tin sinh học phát triển các phần mềm tối ưu gen nhằm tự động hóa quá trình này. Tuy nhiên để có được gen theo ý muốn, cần có sự can thiệp của con người. Ở đây chúng tôi điểm qua một số phần mềm tối ưu gen phổ biến và miễn phí cho mục đích tối ưu biểu hiện gen ở một số vật chủ phổ biến. Chúng tôi cũng mô tả quy trình sử dụng các phần mềm này và một số kinh nghiệm rút ra trong quá trình sử dụng phần mềm khi tối ưu gen để biểu hiện một số protein có nhiều ứng dụng trong Y dược học ở Escherichia coli và nấm men.